邮政管理局的直接上级主管部门是交通运输部。作为中央直属机构，邮政管理局系统实行垂直管理，其最高管理机构国家邮政局由交通运输部代管，属于副部级国家局。

这一管理体制的确立源于我国邮政行业的改革发展历程。1998年邮电分营后，原邮电部的邮政职能划归新成立的国家邮政局，当时由信息产业部管理。2007年实施政企分离，邮政经营职能由中国邮政集团公司承担，监管职能则重组为国家邮政局。2009年国家推行大部制改革，考虑到邮政网络与交通运输体系的深度融合，国务院将国家邮政局调整为交通运输部管理的国家局，这一体制延续至今。从行政层级看，国家邮政局作为副部级单位，下设31个省级邮政管理局和332个市级邮政管理局，均纳入国家公务员行政编制体系。这种垂直管理模式既保证了邮政监管的专业性，又强化了与综合交通运输体系的协同效应。在具体职能方面，邮政管理局系统主要负责拟定行业政策法规、监督普遍服务实施、管理快递市场准入、保障机要通信安全等十项核心职责。而交通运输部作为主管部门，则对国家邮政局的重大决策、人事任免和预算管理行使审批权。值得注意的是，邮政管理局与中国邮政集团公司不存在隶属关系，前者是行政机关，后者是国有企业，两者在2007年政企分离后已完全脱钩。这种管理体制设计既确保了监管的独立性，又促进了邮政市场的公平竞争。近年来，随着快递业务量年均增长超过20%，邮政管理局在规范市场秩序、保障寄递安全方面的作用日益凸显，其作为交通运输部直属机构的定位也更有利于统筹物流资源、提升监管效能。