有限合伙企业的纳税遵循"先分后税"原则，企业本身不缴纳所得税，而是由合伙人根据身份分别缴纳个人所得税或企业所得税。自然人合伙人按5%-35%超额累进税率缴纳个人所得税，法人合伙人则缴纳企业所得税。合伙企业需缴纳增值税、城建税等流转税。对于股权转让收益，2021年起权益性投资一律适用查账征收，个人通过合伙企业转让股权通常按20%财产转让所得税率计税。

有限合伙企业的税收机制源于其非法人组织特性。根据《合伙企业法》及财税〔2008〕159号文，合伙企业作为税收透明体，利润穿透至合伙人层面纳税。这一设计避免了公司制下的"双重征税"问题。具体到税种处理：增值税方面，合伙企业与其他企业一样，发生应税行为时需按6%、9%或13%等税率缴纳；所得税则区分合伙人类型——自然人合伙人取得的经营所得适用5%-35%五级超额累进税率，而股息红利所得适用20%比例税率；法人合伙人将分得利润并入应纳税所得额，按25%标准税率计征企业所得税。值得注意的是，2021年财政部41号公告明确，权益性投资合伙企业必须采用查账征收，彻底关闭了核定征收的避税通道。实践中，横琴等自贸区对符合条件的企业另有地方性税收返还政策，但基础税率仍遵循国家统一规定。税务处理还需注意三点：一是即便利润未实际分配也需"视同分配"计税；二是合伙人工资不得税前扣除；三是跨地区经营的合伙人需在机构所在地或居住地申报纳税。这种税收安排既体现了税收中性原则，也通过穿透征税防止了税收套利，但要求合伙人必须规范财务核算，否则将面临如案例中张某需补缴453万元税款的法律风险。