工程跨省施工涉及的附加税主要包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育费附加，均以预缴的增值税为计税基础。具体流程为：1.跨省前需在电子税务局填报《跨区域涉税事项报告表》；2.在项目地税务机关完成报验登记；3.按工程款扣除分包款后的余额，依纳税人类型选择适用税率预缴增值税（一般计税2%、简易计税3%）；4.附加税按项目地税率计算（城建税7%/5%/1%、教育费附加3%、地方教育附加2%），与增值税同步预缴；5.通过税库银系统异地电子缴税，目前全国已有50家银行支持该功能。

这一操作流程的制定依据主要基于三方面政策考量：增值税预缴机制源自国家税务总局2016年第17号公告，明确跨县（市、区）建筑服务需在发生地预缴税款，后续通过财税〔2016〕36号文件将适用范围扩展至省级行政区划。附加税的征收遵循《城市维护建设税法》及财政部相关规定，其税率设定与项目所在地行政级别直接挂钩——市区7%、县镇5%、其他区域1%，教育费附加和地方教育附加则全国统一为3%与2%。值得注意的是，2025年小型微利企业仍适用附加税减免政策，对月销售额10万元以下的增值税小规模纳税人免征附加税。跨省电子缴税的技术支撑来源于国家税务总局2024年推行的税库银横向联网系统，该系统已覆盖工农中建等50家商业银行，实现税款从异地账户直接划缴至项目地国库。

实操中需特别注意三个关键点：一是分包款扣除需取得合法有效凭证，否则不得从计税基数中扣除；二是个人所得税需单独申报，根据国家税务总局2015年第52号公告，总承包方须按工程造价的4‰核定代扣或据实申报作业人员个税；三是企业所得税跨省项目按实际收入的0.2%预缴，但若在施工地设立分支机构则需就地全额缴纳。这些征管要求既平衡了地区间税收分配，又通过电子化流程降低了企业办税成本，最终形成当前“机构地汇缴+项目地预缴”的跨省工程税收管理模式。