房产证抵押后，其原件通常由不动产登记机构留存，抵押权人（如银行）持有他项权证作为法律凭证。根据现行操作规范，办理抵押登记需前往当地不动产登记中心，完成审核后房产证将加盖抵押注记并由登记部门保管，银行则取得他项权利证明书。这一安排既保障了产权人证件安全，又确保了抵押权人的优先受偿权。

从法律层面分析，该流程遵循《中华人民共和国民法典》第四百零二条关于不动产抵押登记生效的规定。不动产登记中心作为法定登记机构，其专业性和权威性体现在三方面：登记行为具有公示公信效力，能有效防止一房多押；2025年北京公积金新政明确取消抵押状态对评估的限制，说明登记系统已实现动态信息联动；焦作市最新抵押贷款政策显示，电子化审批使登记效率大幅提升，平均办理时间缩短至5个工作日内。实践中存在两种例外情形：若抵押给非金融机构，部分地区允许双方协商保管方式；还清贷款后需凭银行注销证明到登记机构解除抵押标记。房产证抵押的核心在于登记而非物理存放，这正是现代担保制度"登记主义"取代"交付主义"的典型体现。