抵押登记完成后，登记证书（即他项权证）由抵押权人（通常是银行）持有，而房产证仍保留在抵押人手中，但证件上会注明抵押登记信息。这一操作模式既保障了抵押权人的优先受偿权，又确保了抵押人对房产的合法使用权。

从法律和实践层面分析，这种安排具有明确依据。根据民法典及不动产登记相关规定，不动产抵押登记的本质是将抵押权设立的事实记载于登记簿，并向抵押权人颁发他项权证作为权利凭证。他项权证是抵押权人主张权利的核心文件，需由银行保管直至债权清偿。而房产证作为物权归属证明，即使标注抵押信息仍由产权人持有，这符合物权公示原则。实务中，各地不动产登记机构普遍采用"房产证+他项权证"双轨制，例如沈阳不动产登记中心明确在权利证书加盖抵押专用章后返还抵押人，同时向银行签发登记证明。

电子化登记的发展使流程更为高效。目前全国已有28个省份实现抵押权登记全程网办，电子他项权证通过系统直连直接推送至银行信贷系统。但无论纸质或电子形式，他项权证的法律效力相同，均由金融机构留存。当贷款结清时，银行需将注销材料交还借款人，由其前往登记机构办理抵押注销手续，此时房产证抵押标注方可清除。这种制度设计既维护了金融安全，又保障了产权人的合法权益。