农产品收购企业可通过三种方式抵扣进项税额：一是取得增值税专用发票或海关缴款书时按票面税额抵扣；二是从农户处收购时，开具农产品收购发票或取得销售发票，按买价的9%计算抵扣；三是若用于生产13%税率货物，可加计1%按10%抵扣。需注意区分不同用途分别核算，并确保交易真实性，留存合同、过磅单等完整证据链。对于小规模纳税人开具的3%专票，可按发票金额的9%计算抵扣，但普通发票或流通环节免税发票不得抵扣。

上述政策依据主要来自《中华人民共和国增值税暂行条例》及财税部门配套文件。税法明确农产品适用9%低税率，同时允许收购方在农户无法开具专票时通过收购发票实现进项抵扣，这既保障了农户免税优惠，又解决了企业抵扣难题。针对深加工企业的加计扣除政策（即10%扣除率），是国家为鼓励农产品精加工而设计的税收激励，但要求严格区分不同用途的进项核算。实际操作中，金税系统通过"五流合一"监管交易真实性，企业需通过数字化手段管理合同、物流、资金等数据。例如部分企业采用反向开票系统，自动关联地磅数据生成唯一订单，避免人工篡改风险。税务机关对单户农户年度累计销售额超500万元的情况会强制转为一般纳税人管理，企业需设置预警机制。这些措施既维护了税收公平，又促进了农业产业链的合规发展。