预付卡发票的税率并非统一为零税率或免税，而是根据具体销售行为和税收政策确定。通常情况下，预付卡销售环节开具的增值税普通发票税率栏会标注"不征税"，实际使用环节则根据用途适用不同税率（如13%、6%等）。这种处理方式源于预付卡交易的特殊性——资金转移时商品或服务尚未实际交付。

预付卡发票的税率认定主要基于两个政策层面：首先是国家税务总局2016年第53号公告明确规定，单用途预付卡企业销售预付卡时，向购卡人开具的增值税普通发票应在税率栏填写"不征税"字样，这是因为预付环节尚未发生增值税应税行为。当预付卡实际用于购买商品或服务时，销售方应按所售商品或服务的适用税率（如销售货物13%、现代服务6%）开具正式发票。例如商贸企业销售的购物卡后续购买商品时适用13%税率，而ETC卡充值后实际消费则可能适用9%交通运输税率。这种"分段处理"模式既符合增值税"环环相扣"的征管原理，也避免了重复征税。

从会计处理角度看，企业购入预付卡时应计入"预付账款"科目，取得标注"不征税"的普通发票。待实际使用时，需根据用途转换税务处理：用于职工福利的按工资总额14%限额扣除；赠送客户的按业务招待费60%且不超过营业收入5‰的标准扣除；企业自用的凭购物清单等凭证按实际用途扣除。特别需要注意的是，预付卡用于员工福利或赠送给客户时，企业还负有代扣代缴个人所得税的义务——福利性发放并入"工资薪金"计税，赠送客户则按"偶然所得"20%税率代扣。

实践中常见的税务风险点包括：错误地将预付卡充值发票直接作为费用凭证税前扣除；混淆"不征税"与"免税"发票的法律效力；未按规定代扣个税等。根据《增值税暂行条例》及其实施细则，免税项目需严格限定在国务院批准的范围内（如农产品、避孕药品等），而预付卡本身不属于法定免税项目。因此企业财务人员应当建立预付卡台账，完整留存资金流向、实际消费凭证等资料，确保税务处理链条的完整性。对于跨年度使用的预付卡，还需注意企业所得税税前扣除的时效性要求。