投资基金缴纳增值税的核心规则可归纳为三点：一是金融商品转让差价按6%或3%税率缴纳；二是保本收益需按贷款服务缴税，非保本收益免税；三是管理人收取的管理费适用6%或3%税率。具体而言，股票、债券等金融商品买卖差价属于应税范围，而股息红利若为非保本性质则免征增值税。私募基金管理人运营资管产品按3%简易计税，公募基金投资者买卖差价暂免征收。

这一税收框架的确立源于财税政策的多层次规定。财税〔2016〕36号文件明确金融商品转让包括股票、债券等有价证券的买卖，其差价收入应计税，但持有到期兑付的收益不视为转让。对于收益性质判定，合同中明确承诺保本的投资收益需按"贷款服务"缴税，这一标准在财税〔2016〕140号文中得到强化。值得注意的是，私募基金领域根据财税〔2017〕56号文实施特殊规则：资管产品运营业务适用3%简易征收率，且纳税主体明确为管理人而非投资者。公募基金享有更优惠待遇，个人投资者买卖差价及分红收益暂不征税，这源于证券投资基金的税收中性原则。实务操作中还需注意，股权转让通常不缴增值税，但若通过新三板等交易平台则可能被认定为金融商品转让。不同组织形式的基金（公司型、合伙型、契约型）在增值税处理上基本趋同，主要差异体现在所得税层面。当前政策对创投基金另有扶持，允许选择单一基金核算方式优化税负，有效期至2023年底的政策已延续至2027年。