水果开票税额主要取决于销售方身份和销售环节。农业生产者自产自销的水果可开具0%税率普通发票；一般纳税人批发零售水果适用9%税率；若加工为罐头等深加工产品则适用13%税率；小规模纳税人适用3%征收率。

水果增值税税率的差异源于我国税法对农产品流通环节的差异化政策设计。根据现行《增值税法》规定，农产品销售基本税率为9%，但实际执行中存在以下四种典型场景：第一，农业生产者销售自产水果属于免税范畴，需先完成免税备案后方可开具0%税率普通发票，否则不得随意开具免税发票。第二，一般纳税人批发零售环节中，水果作为初级农产品适用9%税率，但若经加工形成罐头、果酱等深加工产品，则适用13%税率。第三，小规模纳税人销售水果适用3%征收率，但2025年新政规定简易计税征收率统一为3%，取消了5%档位。第四，进口水果适用13%税率，但若从本地采购则适用9%税率。这种税率差异的立法考量在于：对农业生产环节免税体现扶持三农政策；初级农产品低税率保障民生需求；深加工产品标准税率维持增值税链条完整。特别值得注意的是，采购环节的进项抵扣规则更为复杂：从农业生产者处采购可凭收购发票按买价9%计算抵扣；用于深加工时可加计1%按10%抵扣；取得小规模纳税人3%专票仍按9%计算抵扣。这些规定在《农产品增值税进项税额核定扣除办法》及配套文件中均有详细说明。实务操作中还需注意三个要点：一是跨省采购可能因运输方式差异影响税率适用；二是免税备案缺失将导致不得开具零税率发票；三是批发零售环节的蔬菜肉类普通发票不得抵扣。税务机关近年通过电子底账系统强化农产品发票监管，建议企业建立专项台账，区分不同来源和用途的水果采购，避免因抵扣不当引发的税务风险。对于同时涉及初级销售和深加工的企业，更需严格实行分账核算，否则将统一按较低抵扣标准执行。