乳制品的增值税税率主要分为9%和13%两档。鲜奶（包括各种哺乳类动物的乳汁和经净化、杀菌等加工工序生产的乳汁）适用9%的增值税税率；而用鲜奶加工的各种奶制品，如酸奶、奶酪、奶油等，则适用13%的增值税税率。巴氏杀菌乳、灭菌乳等属于初级农业产品，按照9%的税率征收增值税；调制乳等不属于初级农产品，按照13%的税率征收增值税。

这一税率差异源于我国增值税政策对初级农产品和加工产品的区别对待。根据《财政部 税务总局关于印发《农业产品征税范围注释》的通知》（财税字[1995]第052号）文件规定，鲜奶被明确列为初级农产品范畴，因此适用较低的9%税率。而经过进一步加工的乳制品，由于已经超出了初级农产品的定义范围，故适用13%的标准税率。国家税务总局2011年第38号公告进一步明确，按照《食品安全国家标准-巴氏杀菌乳》（GB19645-2010）生产的巴氏杀菌乳和按照《食品安全国家标准-灭菌乳》（GB25190-2010）生产的灭菌乳，均属于初级农业产品，可依照《农业产品征收范围注释》中的鲜奶按9%的税率征收增值税；而按照《食品安全国家标准-调制乳》（GB25191-2010）生产的调制乳，则不属于初级农业产品，应按照13%税率征收增值税。这种税率差异体现了国家对农业初级产品的政策倾斜，旨在降低农业生产者的税收负担。增值税率的多次调整也反映了税收政策的演变过程：2017年7月1日起简并增值税税率结构，取消13%的增值税税率，农产品税率调整为11%；2018年原适用11%税率的调整为10%；2019年又调整为现在的9%。需要注意的是，乳制品目前不属于消费税的征税范围，不需要缴纳消费税。这种税收政策设计既考虑到了农业生产的特殊性，又区分了初级产品和加工产品的不同税收待遇，对于促进乳制品行业的健康发展具有重要意义。在实际操作中，纳税人应当根据所销售乳制品的具体类别准确适用税率，避免因税率适用错误而引发的税务风险。