金融资产转让增值税的计算核心公式为：应纳税额=（卖出含税金额－购进含税金额）÷（1+6%）×6%。该公式适用于股票、基金、债券等金融商品的买卖，需注意买入价与卖出价均为含税金额，且差额为负时可结转下期抵减，但年度终了未抵减完的负差不得转入下年度。对于限售股等特殊金融资产，需按规定确定买入价，如IPO股票以发行价为买入价，重大资产重组股票以停牌前收盘价为买入价。

这一计算方法的依据主要来源于三个方面：《中华人民共和国增值税法》明确规定金融商品转让以卖出价扣除买入价后的余额为销售额，税率统一为6%，且要求金融商品的买入价可选择加权平均法或移动加权平均法核算，但选定后36个月内不得变更。财政部和国家税务总局针对金融资产转让的规范性文件中反复强调差额征税原则，例如对交易性金融资产、限售股等特殊情形作出具体解释，特别是限售股解禁后的买入价确定规则，区分了股权分置改革、IPO发行及重大资产重组三种情形。税务机关在实际征管中明确要求，金融商品转让出现的正负差需盈亏相抵后计算销售额，若当期相抵后为负差可结转下期继续抵减，但年末未抵完的负差不允许跨年度结转，这一规定既体现了税收中性原则，也避免了企业通过跨期调节规避税负。值得注意的是，对于境外投资者通过QFII、RQFII等渠道投资境内金融市场的转让收入，现行政策给予增值税免税待遇，这体现了我国资本市场对外开放的税收优惠导向。金融资产增值税的计算之所以采用差额征税模式，是因为金融商品具有高度流动性和价格波动性，若按全额征税会导致重复征税问题，而仅对增值部分课税更符合增值税本质，也与国际通行的金融业增值税处理方式保持一致。