棉花增值税处理需区分不同环节：从农民收购棉花按买价9%计算进项税额；加工销售环节适用9%或13%税率，具体取决于产品形态；进口棉花则涉及配额税率或滑准税。

这一处理依据主要来自三方面：农产品收购环节的增值税政策明确规定，从农业生产者手中购入棉花可凭收购发票按买价9%抵扣进项税额，该政策源于《中华人民共和国增值税法》对初级农产品的特殊规定。在加工销售环节，若棉花经加工形成棉纱等工业品，通常适用13%税率；但若仅进行简单分装等初级加工，仍可按9%税率执行。进口环节的关税与增值税联动机制要求，配额外进口棉花需采用滑准税计算关税后，再叠加9%增值税。值得注意的是，2024年增值税法修订后，农产品深加工企业可维持原扣除力度，避免因税率调整增加税负。这种阶梯式税率设计既保障了棉农利益，又平衡了纺织产业链的税负公平性。