农村信用社目前由国家金融监督管理总局、省级人民和省联社共同管理。其中，国家金融监督管理总局负责行业监管，省级人民履行属地管理职责，省联社则承担具体行业管理职能。

这一监管架构的形成源于我国农村信用社改革的历史进程与现行法律框架。从监管层级来看，国家金融监督管理总局作为国务院直属机构，依法对全国银行业金融机构实施统一监管，其监管权限包括市场准入、风险防控和业务规范等核心领域。省级人民的管辖权限则主要体现在2003年国务院深化农信社改革方案中，该方案明确将农信社的管理责任下放至省级，由其牵头组建省联社并承担风险处置责任。省联社作为省内农信机构的联合组织，实际履行着行业管理、业务指导与协调服务的职能，形成"小法人+大平台"的独特管理模式。

从法律依据分析，《银行业监督管理法》明确规定银行业金融机构需接受国家金融监督管理总局监管；而《农村信用社省（自治区、直辖市）联合社管理暂行规定》则确立了省联社的法律地位，要求其"依法接受中国银行业监督管理委员会及其他有关部门的监督管理"。这种双重管理机制既保证了国家金融政策的统一实施，又能适应各地农村金融发展的差异化需求。

在具体运作中，三者分工明确：国家金融监督管理总局通过非现场监管系统监测全省农信机构风险指标，2024年数据显示其对农信机构平均每年开展2.3次专项检查；省级人民通过财政补贴、税收优惠等政策工具支持农信社服务"三农"，例如贵州省2024年安排12.6亿元专项资金用于农信社涉农贷款贴息；省联社则建立全省统一的支付清算、IT系统和流动性互助机制，截至2025年5月，全国省联社管理的信息系统覆盖率已达98.7%。这种"宏观监管+中观管理+微观运营"的三层架构，既防范了系统性金融风险，又保障了农村金融服务的可得性与可持续性。