公积金年冲还贷的资金主要流向贷款本金部分。具体操作是每年4月或9月一次性从公积金账户提取余额冲抵贷款本金，冲抵后次月按照剩余本金重新计算利息和还款额。这笔钱会直接转入还款银行账户优先偿还公积金贷款本金，待公积金贷款结清后才可冲抵商业贷款本金。若涉及工作变动，资金可能先转移至新单位所在地的公积金管理中心管理。

这一还款机制的设定主要基于三个层面的金融逻辑：首先从资金流向看，公积金年冲采取"先本后息"原则，直接减少贷款本金能从根本上降低利息支出总额。根据中国2025年一季度数据，全国个人住房贷款余额达37.9万亿元，采用年冲方式平均可缩短还款周期2-3年。其次从风险控制角度，要求优先偿还公积金贷款本金的设定，既保障了住房公积金体系的资金安全，也符合《住房公积金管理条例》第二十六条关于专款专用的规定。最后从操作流程上，每年固定4月、9月两次冲抵时点的设置，既给予缴存职工充分的资金筹备期，也便于银行系统统一调整还款计划。值得注意的是，部分地区如泉州市已优化政策，将账户留存金额从6个月缴存额降至2个月，进一步提高资金使用效率。对于组合贷款借款人，年冲时系统会自动识别并优先冲抵公积金贷款部分，这既体现了政策倾斜，也避免了商业贷款机构对公积金体系的资金挤占风险。需要提醒的是，年冲后次月需改用自有资金还款的机制，客观上形成了短期现金流压力，这正是年冲方式更适合公积金余额充足且收入稳定群体的关键原因。