农业银行员工缴纳的个人所得税由农业银行作为扣缴义务人代扣代缴至税务机关。根据现行税法规定，员工的工资薪金所得由支付单位在发放时代扣代缴税款，农业银行依法履行这一义务后将税款上缴国库。

这一操作模式的法律依据主要来源于《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例。个人所得税法明确规定，工资薪金所得属于应税所得项目，支付所得的单位为扣缴义务人。农业银行作为国有大型商业银行，在代发工资时严格遵循税法要求，通过内部薪酬系统自动计算应纳税额并完成代扣。具体流程包括：每月发放工资前，银行会根据员工当月收入减去5000元起征点及社保、专项附加扣除等项目后，按照3%-45%的超额累进税率计算个税金额。该笔税款会与工资发放同步完成扣缴，并在规定期限内通过电子税务局系统申报缴纳至当地税务机关。从税收征管实践看，这种"源泉扣缴"制度能有效保障税款及时入库，也是国际上普遍采用的个税征管方式。对于员工来说，可在工资条中查看扣除明细，或通过个人所得税APP查询完税记录。需要说明的是，年度终了后，符合规定的员工还需办理汇算清缴，对全年预缴税款进行多退少补。税务机关会通过金税系统对银行提交的扣缴数据进行交叉比对，确保税款计算准确。农业银行作为上市公司，其税务合规性还受到财政部、审计署等多部门监督，这进一步保证了纳税流程的规范性和透明度。