间接持股个人所得税的计算主要分为两种情况：股息红利所得和股权转让所得。对于股息红利所得，个人通过合伙企业等间接持股方式获得的分红，适用20%的税率缴纳个人所得税。对于股权转让所得，个人通过合伙企业间接转让股权时，应纳税所得额为转让收入减去股权原值和合理费用后的余额，同样适用20%的税率。

这一计算方式的依据主要来自《中华人民共和国个人所得税法》及相关配套法规。根据现行税法规定，利息、股息、红利所得和财产转让所得均适用20%的比例税率。对于间接持股的特殊情况，税法明确穿透原则，即最终个人投资者仍需按此标准纳税。值得注意的是，2021年财政部、税务总局发布的41号公告虽然取消了合伙企业核定征收方式，但并未改变20%的法定税率。实际操作中，部分地方税务机关对合伙企业股权转让所得存在按"经营所得"5%-35%超额累进税率征税的做法，这与税法规定存在分歧。2024年最新案例显示，纳税人与税务机关对此争议较大，但法律层面仍应以20%税率为准。对于上市公司股票，若持股超过1年可享受股息免税优惠，这体现了政策对长期投资的鼓励。计算时需特别注意区分直接持股与间接持股的税负差异，合理规划投资架构可有效降低税负成本。