限售股转让个人所得税的扣缴规则如下：个人转让上市公司限售股所得，按照"财产转让所得"适用20%税率缴纳个人所得税。应纳税额计算公式为（转让收入-原值-合理税费）×20%。证券机构作为扣缴义务人，需在交易时代扣代缴税款。自2025年起，纳税地点调整为上市公司所在地，但可通过电子税务局远程申报。对于未提供完整原值凭证的，税务机关按转让收入的15%核定原值及合理税费。

这一政策制定的背景和依据主要基于以下三点：限售股具有成本低、数量大的特点，若与普通流通股一样免税会导致税收不公平。2009年紫金矿业案例中，陈发树减持3.6亿股套现33亿元却未缴税，直接促使财税[2009]167号文的出台，明确从2010年起对限售股转让征税。现行征管体系经过多次优化，最新政策将纳税地点从证券机构所在地调整为上市公司所在地，通过税收大数据实现"全国通办"，既保障税源归属又提升服务便利性。计税方式区分不同情况：对于技术和制度准备完成前形成的限售股，证券机构需按股票上市首日收盘价的15%核定原值预扣税款；准备完成后则按实际转让收入与原值差额计税。若纳税人能提供完整原值凭证，可申请清算退还多缴税款。这种设计既防范避税又保障纳税人权益，体现了税收公平与效率的平衡。需要特别注意的是，限售股范围不仅包括股改限售股、新股限售股，还涵盖财政部等部门认定的其他类型，如配股、增发形成的限售股等。相关政策通过动态调整不断完善，例如2025年新规进一步简化申报流程，明确原始股转让参照执行，形成了一套覆盖全面、操作规范的征管体系。