生产经营所得的个税计算采用超额累进税率，具体公式为：应纳税额=（全年收入总额-成本费用及损失）×适用税率-速算扣除数。若纳税人无综合所得，还可额外扣除6万元基本减除费用及专项附加扣除。

这一计算方法的合理性源于三个层面：超额累进税率设计（5%-35%）能平衡税收公平与效率，对高收入者征收更高税率符合量能课税原则。允许扣除成本费用的规则体现了"净所得课税"理念，避免对经营成本重复征税。例如个体工商户的原材料采购、房租等直接支出均可税前扣除。针对无综合所得的纳税人增加6万元扣除额，实质上是对小微经营主体的税收优惠。数据显示，2024年全国个体工商户平均年收入约15万元，扣除成本费用后多数适用10%以下税率，实际税负约1.5万元，显著低于企业所得税标准税率。这种差异化设计既保障财政收入，又为实体经济留出发展空间。