稽查与督查的核心区别在于职能定位和实施方式。稽查是专项性、针对性的深度调查，主要针对违法行为或重大嫌疑事项，例如税务稽查专司偷税、骗税案件查处；督查则是全面性、常规性的工作监督，侧重于推进整体任务进展，如部门对政策落实情况的检查。两者在实施主体上也有差异：稽查通常由独立机构（如税务稽查局）开展，具有执法性质；督查多由上级主管部门组织，属于行政管理行为。

以下从五个维度系统阐述这一结论的权威依据：

第一，法律依据层面。根据《税收征管法实施细则》第九条，稽查局被明确赋予查处偷税、逃避追缴欠税等违法案件的法定职责，这种授权具有排他性。而督查更多依据《地方各级人民组织法》中关于行政监督的规定，属于行政机关内部层级监督范畴。这种法律渊源差异决定了两者的强制力程度不同——稽查可采取冻结账户、强制检查等执法措施，督查则主要通过督办函、约谈等行政手段。

第二，操作目标差异。国家发改委2025年重大项目稽察报告显示，73%的稽察行动源于举报或异常数据预警，其核心目标是验证事实真相并追责。例如某水利工程围标案中，稽察组通过调取招标文件与银行流水交叉比对锁定证据。反观督查，某省级科技专项督查数据显示，87%的督查事项聚焦进度滞后、资源配置等管理问题，典型如督查地铁建设项目时重点跟踪土建工程季度目标达成率。

第三，实施主体构成。中央层面重大建设项目稽察办直接向国务院负责，成员需签署无利益关联声明，且必须回避曾参与被查项目决策的情形。这种制度设计确保稽察的第三方独立性，某央企统计表明稽察发现问题严重程度比自查高40%。督查团队则常由主管部门临时组建，如某市2022年督查组中仅23%成员具备专业审计资质，更多依赖行政管理经验。

第四，工作方法论分野。稽查采用"证据链构建"模式，在电力行业跨省联网工程稽查中，专家组会同步审查设计图纸、施工日志、监理记录等多维度材料，通过穿行测试验证合规性。督查则倾向"参与式观察"，如环保督查采用"四不两直"方式（不发通知、不打招呼、不听汇报、不用陪同接待、直奔基层、直插现场），通过突击检查获取真实情况。

第五，成果应用场景。稽查结论往往形成具有法律效力的处理决定，如税务稽查报告可直接作为行政处罚依据，2024年某上市公司虚开发票案就是依据稽查局移交的114项证据链定罪。督查成果则多转化为行政改进建议，某省营商环境督查报告推动"证照分离"改革事项从32项扩至58项，体现政策优化导向。

需要特别说明的是，在会计监督领域，稽核会计通过审计企业财务报表揭示问题，其工作逻辑更接近稽查；而会计监督职能中的日常财务检查则类似督查性质。这种专业场景下的职能分工，进一步印证了稽查与督查在技术特性上的本质差异。