饮用水本身不直接征收水资源税，但城镇公共供水企业取用原水需缴纳水资源税，其税额标准由各省制定，通常按实际取水量扣除合理漏损后计算。例如四川省规定计算公式为：应纳税额=实际取用水量×(1-公共供水管网合理漏损率)×适用税额，漏损率由省级确定。

我国自2024年12月1日起全面实施水资源费改税试点，根据《水资源税改革试点实施办法》，直接取用地表水或地下水的单位需缴纳水资源税，但家庭生活零星取水、农村集体水塘取水等情形免征。对城镇公共供水企业而言，其特殊性体现在三方面：一是计税时允许扣除管网合理漏损，如北京市明确要求企业按月报送实际取水量并与税务申报数据一致；二是终端水价中单列的水资源税部分可从增值税计税依据中扣除，按"不征增值税自来水"项目开具普通发票；三是税负传导机制上，企业缴纳的税款通过水价转移至最终消费者，但个人用水不属于直接纳税主体。数据显示，改革后新试点地区公共供水企业季均税负下降8.7%，首季全国水资源税收入达104亿元，其中21个新试点省份收入43.5亿元。政策设计上，地下水税额高于地表水，特种行业（如洗浴、高尔夫）适用更高标准，以此引导节水。例如重庆市明确饮料企业取用地下水需纳税，但使用公共供水的部分不重复征收。技术层面，纳税人需填写《水资源税税源明细表》，多数省份实行按季申报，如北京规定季度终了15日内完成申报。改革成效上，首季征期新试点地区地下水取用量同比下降15.4%，0.35万户无证取水户完成补登记，体现了税收杠杆对水资源保护的促进作用。