蜂蜜开票的增值税税率主要取决于加工方式和纳税人类型。对于一般纳税人销售未经加工的天然蜂蜜，税率为9%；若经过加工（如罐装、添加其他成分等），则适用13%税率。小规模纳税人销售蜂蜜适用3%征收率，但若符合双免政策条件可免征增值税。

关于蜂蜜增值税税率的判定依据主要来源于以下政策规定：《中华人民共和国增值税暂行条例》明确农产品适用低税率政策，天然蜂蜜作为初级农产品归类于动物类制品，财政部和国家税务总局联合发布的《农业产品征税范围注释》将"天然蜂蜜"定义为采集后未经加工的产品，这类产品适用9%优惠税率。但对于经过排气密封、添加营养成分或深度加工的蜂蜜制品，则被排除在初级农产品范围外，需按13%税率计税。实务操作中，税务机关对"加工"的认定标准包括：是否改变蜂蜜的物理形态（如浓缩、磨碎）、是否添加其他成分（如营养剂、调味剂）以及包装工艺的复杂程度。例如简单分装到瓶罐中仅贴标签的产品仍可适用9%税率，但采用真空密封、高温杀菌等工艺的罐装蜂蜜则视为工业加工品。对于购进免税农产品再进行销售的情况，若未进行任何加工处理，一般纳税人可按9%计算销项税额，同时允许凭收购发票抵扣进项；若进行加工后销售，则需按13%计税，但加工环节的进项税可全额抵扣。个体工商户若月销售额不足10万元可享受增值税免征政策，该标准自2025年起调整为季度30万元、年度120万元。需要注意的是，不同地区对农产品初加工与深加工的界定可能存在执行差异，建议纳税人在处理具体业务时，结合产品生产工艺、包装形式和配料表等材料，参照《增值税法》及国家税务总局发布的农产品抵扣管理办法进行综合判断，必要时可向主管税务机关申请商品编码核定。