水果销售的增值税税率主要分为三种情况：农业生产者销售自产水果免征增值税；一般纳税人销售非自产水果适用9%税率；小规模纳税人销售非自产水果适用3%征收率（2023-2027年减按1%执行）。深加工水果制品如罐头等适用13%税率。

这一税率结构的法律依据主要来源于《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则。对于农业生产者自产自销的水果，国家为支持农业发展给予了免税优惠，这体现了对农业基础产业的扶持政策。一般纳税人销售水果适用9%税率属于农产品初级流通环节的标准税率，而深加工产品适用13%税率则符合增值税对加工增值部分课税的原则。小规模纳税人享受的征收率优惠则是国家为减轻小微企业负担实施的阶段性政策，该政策已明确延续至2027年底。在实际操作中，纳税人需注意区分业务性质：农业生产者需提供自产证明才能享受免税；批发零售企业要准确区分初级农产品与深加工产品；小规模纳税人需按规定开具1%征收率发票。对于跨环节经营的企业，还要做好不同税率业务的分别核算，否则可能面临从高适用税率的税务风险。从税收征管角度看，税务机关会重点关注免税农产品发票的开具合规性，防止虚开骗税行为。纳税人应当完整保存农产品收购凭证、自产证明等资料备查。随着2025年增值税法的实施，农产品抵扣政策也进行了优化，购进农产品继续适用9%扣除率，但贷款服务进项抵扣限制取消等变化也可能间接影响水果行业的税负水平。水果行业的增值税政策设计既考虑了产业特性，又兼顾了税收公平，纳税人应当准确把握政策要点，依法享受税收优惠。