销售水果通常适用9%的增值税税率。若纳税人选择简易计税方法，小规模纳税人销售水果可适用3%征收率（2025年仍延续疫情期间优惠政策）。

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，农产品增值税政策具有特殊性。财政部、国家税务总局联合发布的《农业产品征税范围注释》明确规定，新鲜水果属于初级农产品范畴。现行税收政策对农产品流通环节实行特殊规定：一般纳税人销售自产水果免征增值税，而流通环节批发零售水果通常适用9%税率。这一税率设置源于2019年增值税改革，将原13%和11%两档税率合并为9%档，旨在减轻农产品流通环节税负。

国家税务总局2023年更新的《增值税纳税指南》指出，农产品进项税额抵扣采用"凭票抵扣"与"核定扣除"并行的制度。对于水果经营者而言，若取得农产品销售发票或收购发票，可按照发票注明金额的9%计算进项税额；若采用核定扣除办法，则按销售产品耗用农产品数量等因素核定进项税。这种制度设计既防范虚开发票风险，又确保产业链税负公平。

从国际比较视角看，我国对水果等生鲜农产品的增值税政策较为优惠。欧盟国家普遍对食品征收标准税率（平均约20%），而我国9%的税率明显低于工业品税率。这种差异体现国家对民生基本消费品的税收倾斜，符合《增值税法》第三条"税收中性原则"与"民生保障原则"的平衡要求。

需特别说明的是，2020年疫情期间出台的《关于支持个体工商户复工复业增值税政策的公告》（财政部税务总局公告2020年第13号）将小规模纳税人征收率由3%降至1%，该政策经多次延期后，2025年仍对小规模纳税人销售水果适用3%征收率（含1%优惠税率）。这构成水果零售环节的实际税负低于名义税率的重要例外情形。

在实践中，水果销售增值税征管还涉及跨区域经营备案、电子发票使用等具体问题。根据《网络交易监督管理办法》，通过电商平台销售水果同样适用上述税率，但需注意平台代扣代缴义务。税收征管数字化改革后，纳税人可通过电子税务局"农产品发票采集"模块便捷完成抵扣操作，显著降低合规成本。