水果经过简单清洗和包装后，仍适用9%的增值税税率。若包装行为构成独立销售包装物，则需按包装物适用16%税率从高计征。

关于水果包装清洗的税率适用问题，需从货物本质、政策沿革及税务实务三个维度分析。根据《增值税暂行条例》对农产品初加工的界定，水果经清洗、分选、包装等未改变物理性状的处理，仍属于初级农产品范畴。当前我国对蔬菜、水果等鲜活农产品实行低税率政策，批发零售环节适用9%税率，这与国际通行的农产品税收优惠原则一致。包装行为的税务定性需区分两种情形：若礼盒包装仅为提升水果销售品相且未单独计价，依据"实质重于形式"原则，整体销售仍按农产品适用9%税率；但若包装物具有独立使用价值且单独计价，则根据财税[2016]36号文关于混合销售的规定，需分别核算货物与包装物销售额，此时包装物适用16%税率。实务中，税务机关主要关注三个判定要点：一是包装成本占比，通常不超过货物价值15%可视为附属包装；二是包装物是否可重复使用，如高档礼盒、保温箱等易被认定为独立货物；三是企业经营范围，主营包装材料销售的企业其包装行为往往被认定为混合销售。值得注意的是，海南自贸区自2025年起实施的特殊税收政策中，对农产品深加工企业给予15%企业所得税优惠，但增值税税率仍遵循全国统一标准。对于跨区域经营企业，还需注意部分省市对农产品初加工企业所得税的免税政策，如水果清洗分选业务符合《农产品初加工范围》规定的，可申请免征企业所得税，但这不影响增值税税率适用。在发票开具方面，纳税人销售包装水果应当根据实际业务性质选择商品编码，若包装属于农产品必要流通环节应选用"农副产品"编码，若属混合销售则需分项开具。最后提醒，2024年增值税法修订后，虽然调整了部分货物税率，但农产品优惠税率体系保持稳定，纳税人应定期关注国家税务总局发布的《增值税税率表》更新。