核桃的开票税率主要取决于其加工状态：初级加工的核桃适用9%税率，深加工（如炒制或制成核桃乳等）则适用13%税率。

这一税率差异的法律依据源于我国增值税政策对农产品的分类处理。根据《财政部国家税务总局关于印发的通知》（财税字〔1995〕52号），核桃作为园艺植物的果实被明确列入农产品范畴，适用9%的基准税率。但对于经过深加工的农产品，如炒制核桃仁或核桃乳制品，《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号）规定，其税率需对应加工后产品的适用税率，即13%。实务中需注意三个关键点：一是初级加工指仅进行清洗、分选、烘干等物理处理的生产环节；二是深加工通常涉及化学改性或配方重组（如核桃乳添加乳化剂）；三是企业若同时经营初加工与深加工业务，需分别核算以免引发税务风险。2025年增值税法修订后，虽简化了征收率档位，但农产品税率结构仍维持这一区分原则，体现了国家对农业初级产品的扶持政策。纳税人开具发票时，应依据核桃的实际加工形态选择税率，并留存采购合同、生产流程记录等证明材料备查。跨区域销售还需注意电子发票的合规开具要求，避免因形式瑕疵导致进项抵扣争议。对于进口核桃，还需叠加关税和消费税的影响，需结合海关商品编码进一步判定。