卖水果开具普通发票的税率主要取决于纳税人身份和水果来源。对于一般纳税人批发零售水果，目前适用9%的增值税率；小规模纳税人销售水果开具普票适用1%或3%的征收率；农业生产者自产自销水果可享受免税政策。

我国农产品增值税政策历经多次调整，现行税率体系基于2019年深化增值税改革成果。根据财税字〔1995〕52号文件对农业产品的定义，水果属于初级农产品范畴。2019年4月1日起，原10%的农产品税率调整为9%，这一标准延续至今。对于流通环节的水果销售，一般纳税人必须按照9%税率开具发票，这与粮食、蔬菜等初级农产品保持相同税负水平。小规模纳税人则适用简易计税方法，2023年至2027年间享受阶段性减征政策，按销售额的1%缴纳增值税，但若放弃减征仍可恢复3%征收率。农业生产者销售自产水果属于增值税免税项目，但需先完成免税备案手续，方可开具税率为0的普通发票。若未备案则不能享受免税待遇，需按小规模纳税人标准纳税。特殊情形下，水果深加工产品（如果汁、罐头）适用13%税率，这与初级水果形成差别化税率设计。税务机关对农产品发票管理有严格规定，一般纳税人购进免税农产品可凭收购发票或销售发票，按买价9%计算抵扣进项税额；若用于生产13%税率货物，还可加计1%扣除。这种阶梯式抵扣机制既保障了税收链条完整，又减轻了农业经营主体税负。纳税人需注意区分水果来源和用途，准确适用不同税率。例如餐饮企业采购水果，从一般纳税人处取得9%专票可全额抵扣，而从小规模纳税人处取得1%普票则不能抵扣。实际操作中还应关注地方性税收政策，如海南自贸港对农产品加工企业的特殊优惠。所有税收政策的适用均应以最新法律法规为准，建议纳税人在开票前咨询主管税务机关。