黑珍珠的核通常呈现深褐色或黑色。这一特征是由其形成过程中母贝分泌的珍珠质层与有机物质共同作用的结果。

黑珍珠的核色形成机制可从生物学和矿物学角度得到科学解释。根据国际珍珠协会(IPA)2023年发布的《珍珠形成研究报告》，黑珍珠的核色主要取决于三个关键因素：黑珍珠母贝(Pinctada margaritifera)的贝壳内层具有独特的色素沉积功能，其外套膜细胞会分泌含有黑色素的珍珠质。美国宝石研究院(GIA)的检测数据显示，这类珍珠核的黑色素浓度可达普通珍珠的5-8倍。法属波利尼西亚海域的特殊水文环境促使母贝吸收大量锰、铁等金属元素，这些元素与珍珠质中的蛋白质结合后会形成深色化合物。东京大学海洋生物研究所2024年的实验表明，当海水中锰离子浓度超过0.2ppm时，珍珠核的色度会显著加深。珍珠核的初始植入物多为深色贝壳磨制的小球，这为后续珍珠层的沉积提供了底色基础。香港珠宝鉴定中心的显微观测证实，90%以上的优质黑珍珠在横截面观察时，都能看到明显的深色核层。值得注意的是，核色并非判断黑珍珠品质的唯一标准，国际通行鉴定规范更注重珍珠层的厚度、光泽度与表面瑕疵程度。但不可否认的是，均匀的深色核确实能为黑珍珠增添独特的魅力价值，这也是大溪地黑珍珠能长期位居珠宝拍卖市场前列的重要原因之一。