鲫鱼在不同地区有多个别名，如鲫瓜子、月鲫仔、土鲫、喜头鱼、鲋鱼等。野生鲫鱼通常背部呈灰黑色，腹部银白色，整体呈现银灰色调。而人工养殖或基因变异的鲫鱼可能呈现金黄色或红黄色。

鲫鱼的体色与其生存环境和遗传特性密切相关。野生鲫鱼背部灰黑色与河底淤泥颜色相近，腹部银白色与水面反光相似，这种保护色能有效躲避天敌。从上方看，灰黑色背部与河底融为一体；从下方看，银白色腹部与水面光线相协调，这就是"鱼肚白"说法的由来。不同水域的鲫鱼体色会有差异，深水区鲫鱼体色偏青黑，浅水区则多为灰褐色。

中国科学院院士陈桢研究发现，鲫鱼的颜色由体内黑灰、红黄色素体及淡蓝反光质共同决定。当基因突变导致黑灰色素减少时，鲫鱼会呈现金黄色或红黄色。这种变异体在自然界中较为罕见，但在人工养殖条件下较易出现。红黄鲫鱼就是典型的基因变异品种，其观赏价值较高。

从垂钓角度看，鲫鱼对红色和黄色饵料较为敏感。实验表明，在味型和大小相同的情况下，鲫鱼会优先选择红色和黄色的饵料。这可能与其视觉感知特性有关，红色和黄色在水中更易被鲫鱼识别。但值得注意的是，饵料的味型和大小对鲫鱼的吸引力比颜色更为重要。