港股通交易费用主要包括佣金、印花税、交易征费、交易费等多项费用。佣金由券商收取，费率一般为0.03%-0.25%，可协商调整；印花税按成交金额0.1%双边收取；交易征费为0.0027%，交易费为0.00565%，均双边收取。此外还有股份交收费0.002%（单边最低2港元、最高100港元）、证券组合费（按持仓市值0.008%年费率逐日计收）等。整体费率约0.11%-0.36%，10万港元交易约需110-360港元费用。

这一收费结构基于香港市场的监管框架与内地互联互通机制的特殊性。印花税是香港财政收入的重要来源，2023年11月虽从0.13%降至0.1%，仍显著高于A股的0.05%，体现香港"低所得税、高流转税"的财税特色。交易征费和交易费分别用于香港证监会监管职能与联交所系统维护，其费率低于A股的经手费（0.00487%），反映香港市场机构化程度高、规模效应显著的特点。股份交收费采用分段计费模式，既保障结算系统稳健运行，又通过500亿港元市值分级机制减轻中小投资者负担。值得注意的是，证券组合费是港股通特有成本，源于跨境持仓的托管清算复杂度，但年化0.008%的费率显著低于QFII的托管费（通常0.1%-0.2%）。比较而言，港股通综合成本较直接投资港股节省约30%，主要得益于免除了香港券商佣金（通常0.18%-0.25%）和部分结算费。这种差异化设计既遵循国际市场惯例，又通过互联互通机制实现了成本优化，使得南向资金累计净流入突破3.2万亿港元，成为香港市场流动性的关键支柱。