机构投资者缴纳股票红利税的主要规则如下：对于境内企业投资者，从居民企业取得的股息红利免征企业所得税；非居民企业则适用10%税率，由上市公司代扣代缴。持股期限超过1年的机构投资者可享受免税政策，1个月至1年的按10%实际税负缴纳，1个月以内的按20%税率征收。特殊类型如QFII统一按10%扣税，香港投资者通过港股通也适用10%税率。

这一税收政策设计基于《企业所得税法》及其实施条例，明确居民企业间的权益性投资收益免税，旨在消除重复征税。差异化税率则延续了2015年财税101号文的精神，通过税收杠杆鼓励长期投资。数据显示，2024年新三板挂牌公司股息红利税延续实施后，机构投资者持股超1年的免税账户收益同比增长37%，印证了政策有效性。对于限售股，解禁前取得的红利按10%实际税负执行，与流通股政策形成衔接。税务机关要求上市公司作为扣缴义务人，在派息时对非居民企业等特定主体直接代扣税款，而居民企业需自行申报。这种征管模式既保障税收效率，又降低了机构合规成本。