牛奶的增值税税率主要取决于其加工形态：鲜奶、巴氏杀菌乳等初级农产品适用9%税率；调制乳、酸奶等深加工乳制品适用13%税率。部分地方对生鲜乳销售可能给予免税或减税政策，但消费税通常不适用于普通乳制品。

关于牛奶的税收分类依据主要源自增值税政策对农产品与加工食品的区分。现行政策将乳制品分为两类：一类是未改变物理性质的初级农产品，如生鲜乳、巴氏杀菌乳和灭菌乳，这类产品因属于《农业产品征收范围注释》范畴，适用9%的增值税税率；另一类是通过添加配料或改变物理形态的加工品，如调制乳、酸奶、奶酪等，这类产品因超出农产品定义范围，需按13%税率征收。这种差异源于国家对农产品初加工与深加工的区别对待政策，旨在减轻农业基础环节税负。

政策演变显示，2011年原13%税率经过多次调整，2019年后最终定为9%与13%两档。特别值得注意的是，巴氏杀菌乳虽经热处理但未添加任何成分，仍被认定为初级农产品；而添加维生素或矿物质的调制乳则被视为深加工产品。对于乳制品生产企业，若符合高新技术企业条件，还可享受15%的企业所得税优惠税率及研发费用加计扣除政策。进口乳制品设备可能免征关税和进口环节增值税，这构成行业特殊的税收优惠体系。

地方税收实践中，部分省份对生鲜乳销售进一步实施免税政策，但需满足直接来自农业生产者等条件。超市销售的包装乳制品均需缴纳增值税，但消费税仅针对烟酒等特定消费品，普通乳制品不在应税范围。中美贸易摩擦背景下，2025年对进口乳制品加征的10%关税属于特别关税措施，不影响国内增值税率体系。企业实际操作中需注意区分产品形态，例如灭菌乳与调制乳的税率差异可达4个百分点，这对成本核算具有实质性影响。税务稽查时，产品执行标准（如GB25190与GB25191）常作为判定税率适用的关键依据。