农产品的扣除率是指企业在购进农产品时，依据国家税收政策规定，按照一定比例计算可抵扣的进项税额。当前农产品增值税进项税额的主要扣除率为9%和10%。其中，9%适用于一般农产品购进，10%适用于用于生产或委托加工13%税率货物的农产品。

农产品增值税扣除率的设定体现了国家对农业产业的税收扶持政策。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及配套文件规定，农产品作为国民经济基础产业，其增值税政策具有特殊性。农业生产者销售自产农产品免征增值税，但购买方仍可按9%扣除率抵扣进项税额，这种"免税不免扣"的机制有效减轻了农产品加工企业的税负。对于深加工企业，若购进农产品用于生产13%税率货物（如果汁、罐头等），可享受"9%+1%"的加计扣除政策，即在购进时按9%抵扣，生产领用时再加计1%，合计扣除率达10%。这一政策设计既保障了初级农产品流通环节的税收优惠，又支持了农产品深加工产业的发展。从票据类型看，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关缴款书时，按票面税额抵扣；取得小规模纳税人3%征收率专票、农产品销售发票或收购发票时，则需按买价和扣除率计算抵扣。需要注意的是，自2019年4月1日起，原10%扣除率统一调整为9%，但对于深加工领用环节的加计扣除政策仍维持1%不变，这体现了税收政策的延续性和稳定性。在实务操作中，纳税人需注意区分农产品用途，分别核算不同扣除率的进项税额，确保合规享受税收优惠。税务机关也通过电子税务局的数字化升级，简化了农产品进项抵扣的申报流程，企业可通过税务数字账户完成发票勾选和加计扣除申报。这些政策细节的优化，既落实了减税降费的决策部署，又规范了农产品增值税管理。