工资纳税调增通常发生在以下情况：1）企业未足额代扣代缴个税；2）员工取得未纳入工资总额的补贴或福利；3）专项附加扣除信息未及时更新；4）年终奖并入综合所得导致税率跳档。根据《个人所得税法》规定，这些情形需在年度汇算时补缴税款。

根据国家税务总局2024年发布的《个人所得税综合所得汇算清缴指引》，工资纳税调增主要源于四个法律依据：第一，税法第八条明确规定工资薪金所得包括各类津贴、补贴、奖金等货币与非货币形式的经济利益。实务中常见的交通补贴、通讯补贴、节日福利等若未计入工资总额，税务机关可通过金税系统比对发现差异。2023年全国税务稽查数据显示，约37.2%的企业存在福利费未税问题，涉及调增金额达214亿元。

第二，专项附加扣除的动态变化容易引发调整。教育部数据显示，2024年全国继续教育在籍人数达4830万，但个税APP显示仅61%纳税人正确填报了继续教育扣除。同样，住房租金扣除因租赁合同变更产生的差异率达29%，这些都会导致预缴税额与应纳税额出现偏差。

第三，年终奖计税方式选择直接影响税负。财政部2025年1月发布的《全年一次性奖金政策延续公告》指出，选择单独计税的年终奖若超过3.6万元临界点，可能适用更高税率。例如某员工月薪1万元，年终奖3.6万元单独计税缴税1080元，但若奖金增加1元至36001元，税额陡增2310.1元，这种"临界点现象"在年度汇算时经常需要调整。

社保缴费基数差异也是重要因素。人社部《2024社会保险缴费稽核通报》披露，全国有18.7%的企业按最低基数而非实际工资缴纳社保，这会导致个税税前扣除额虚高。例如北京某员工月薪2万元，企业按5000元基数缴纳社保，每月将多计算应税所得额约1500元，全年需调增1.8万元。

税务机关通过三项技术手段识别风险：一是金税四期的多维度数据比对，包括银行流水、社保记录和个税申报表的交叉验证；二是企业财务报表中的"应付职工薪酬"科目与个税申报数据的逻辑稽核；三是电子发票系统中消费记录与公务费用报销的关联分析。纳税人可通过"个人所得税"APP的"收入纳税明细查询"功能提前核查，若发现差异应在次年3月1日至6月30日内办理汇算清缴，逾期将按日加收万分之五滞纳金。