水果销售的增值税税率主要分为以下几种情况：农业生产者自产自销的水果免税；一般纳税人销售水果适用9%税率；小规模纳税人适用3%征收率；若将水果加工或礼盒包装后销售，则适用13%税率。

现行水果销售增值税政策的核心依据是《中华人民共和国增值税法》及配套税收规范性文件。对于农业生产者销售自产水果，根据增值税法第六条及农产品税收优惠政策，可享受免税待遇，但需先行完成免税备案手续方能开具税率为0的普通发票。这一政策旨在扶持农业发展，减轻农民负担。对于从事水果批发零售的一般纳税人企业，自2019年4月1日起，原适用10%的税率调整为9%，延续了国家对农产品流通环节的税收支持。小规模纳税人则适用简易计税方法，按3%征收率缴纳增值税，2023年至2027年间暂执行1%优惠税率。

特殊情形下的税率适用需特别注意：当水果经过深加工或采用礼盒等增值包装后，商品属性发生变化，不再属于初级农产品范畴，此时应按13%税率计税。这种差异源于增值税对商品加工增值部分的课税原理，包装带来的附加值使商品适用更高税率。在进项税额抵扣方面，企业从农业生产者处收购免税农产品，可按照买价的9%计算抵扣进项税；若用于生产13%税率产品，则可按10%计算抵扣，这体现了税收链条的连续性。

税收征管实践中还需区分发票类型的影响：一般纳税人开具增值税专用发票可用于抵扣，而普通发票则不能；小规模纳税人通常只能开具普通发票。对于跨境水果贸易，进口环节需按9%税率缴纳增值税。值得注意的是，2026年1月1日实施的《中华人民共和国增值税法》对农产品税率体系作出新的制度性安排，但水果作为民生必需品仍保持相对稳定的税收政策导向。企业进行税务筹划时，应准确区分自产与非自产、初级农产品与加工产品、批发与零售等不同经营模式的税率差异，确保合规申报。税务机关也加强了对农产品发票的监管力度，防止虚开骗税行为，维护税收公平。