子公司作为独立的法人实体，其企业所得税应在公司登记注册地缴纳。这一规定明确体现在《中华人民共和国企业所得税法》第五十条中，要求居民企业以企业登记注册地为纳税地点。对于增值税等其他税种，子公司也需在机构所在地主管税务机关独立申报缴纳。

从法律层面分析，子公司具有独立法人资格是其税务独立性的根本依据。根据《公司法》第十四条，子公司依法设立并拥有独立财产、名称和章程，能够独立承担民事责任。这种法律地位的独立性直接决定了其税务处理必须与母公司分离。企业所得税法第五十二条进一步强调，除国务院另有规定外，企业不得合并缴纳企业所得税，这从立法层面否定了母子公司在所得税上的合并申报可能。在税收征管实践中，子公司需在当地税务机关办理税务登记，建立独立的账簿凭证体系，这为属地纳税提供了操作基础。税务机关对子公司的税务检查、纳税评估等工作均由其所在地税务机关负责实施，形成完整的征管闭环。跨地区经营的特殊情形下，国家税务总局2012年第57号公告明确要求二级分支机构就地分摊缴纳企业所得税，但具有法人资格的子公司不适用该规定。对比分公司模式，子公司税务独立性的特点更为突出。分公司作为非独立分支机构，其企业所得税需汇总至总公司计算缴纳，而子公司的纳税义务完全由其自身承担。这种差异在《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》中有详细规定。增值税方面，《增值税暂行条例》第二十二条要求固定业户向其机构所在地申报纳税，总分支机构不在同一县市时应分别申报。这意味着即使同属一个集团，子公司也必须独立完成增值税链条的进销项管理。从税收管辖权角度，我国实行地域管辖与居民管辖相结合的原则。对于境内注册的子公司，其全球收入都需在我国申报纳税；而境外子公司仅就来源于我国境内的所得承担纳税义务。这种区分在《税收征收管理法》中有具体体现。实务中还应注意特殊税务处理情形。例如，母公司对子公司的出资行为不产生应税所得，但若存在资金借贷收取利息，则需按独立交易原则确认收入。外商投资企业利润再投资可享受递延纳税政策，这为跨国集团的税务筹划提供了空间。从税收合规成本考量，子公司独立纳税虽然增加了管理成本，但能有效隔离集团税务风险。如诚志股份子公司补缴1.66亿元税款案例所示，税务违规的滞纳金成本可能高达税后利润的23%，凸显了属地化税务管理的重要性。子公司的缴税地规则既是法律强制的刚性要求，也是企业税务风险管理的必要措施。