目前农副产品收购适用的增值税税率为9%，农业生产者销售自产农产品免征增值税。对于深加工农产品（如速冻食品、罐头等）适用13%税率，鲜活肉蛋及蔬菜流通环节免征增值税。

这一税率体系的制定依据主要来源于以下三方面政策调整：2025年增值税新政将农产品深加工税率从13%降至9%，但精制茶等个别产品需单独核算加工环节。鲜食玉米等初级农产品适用9%税率，而经熟制加工的玉米产品仍维持13%税率。国家税务总局明确农产品征税范围采用正列举方式，未列举的深加工产品（如速冻食品、罐头、奶制品等）不得享受9%低税率。对流通环节的税收优惠延续了历史政策，从事蔬菜批发零售的纳税人销售蔬菜，以及销售部分鲜活肉蛋产品可免征增值税，但需注意与应税货物分开核算。值得注意的是，一般纳税人收购农产品时，若取得免税普通发票可按9%计算进项税额抵扣；若加工后销售17%税率产品，则允许按13%扣除率计算抵扣，这种阶梯式抵扣机制既保障了税收公平，又促进了农产品流通体系发展。在实践中，纳税人需严格区分初级农产品与加工品界限，例如简单切割的鲜嫩玉米适用9%税率，但玉米罐头则需按13%计税。自产农产品免税证明的开具需提供收购企业证明及生产者自产资料，税务机关对农产品收购发票领用也有严格规定，非农业生产者销售不得自行开具收购发票。这些细节要求体现了税收征管的精准性，也提示企业需完善农产品采购台账管理，避免因凭证不合规导致的税务风险。