鲜奶及巴氏杀菌乳、灭菌乳适用9%增值税税率，酸奶、调制乳等加工乳制品适用13%税率。该差异源于国家对初级农产品与深加工产品的税收政策区分。

乳制品增值税税率的差异主要基于产品加工深度及农业属性界定。根据财税字〔1995〕52号文件，鲜奶被明确列为初级农产品范畴，包括各种哺乳动物乳汁及经净化、杀菌工序生产的乳汁，这类产品享受9%低税率政策。而用鲜奶加工的奶制品如酸奶、奶酪等，因改变了农产品原始形态，被排除在初级农产品范围外，适用13%标准税率。国家税务总局2011年第38号公告进一步细化标准，规定符合GB19645-2010的巴氏杀菌乳和GB25190-2010的灭菌乳可参照鲜奶按9%计税，而GB25191-2010标准的调制乳因添加营养强化剂等成分，视为深加工产品适用13%税率。

政策演变历程显示，2017年财税37号文首次将农产品税率从13%简并为11%，2018年财税32号文下调至10%，2019年39号公告最终调整为现行9%。但加工乳制品始终维持较高税率，2017年前为17%，后随增值税改革逐步降至13%。这种阶梯式税率设计体现了国家对农业初级产品的扶持，同时通过税收杠杆引导产业升级。实务中需注意，巴氏杀菌乳与灭菌乳虽经高温处理，但因未添加其他成分且符合特定国标，仍可享受农产品优惠；而添加蔗糖、果粒的调制乳或发酵乳制品，则因改变产品本质需按13%计税。

监管层面，企业需严格对照产品执行标准进行税务归类。如君乐宝等乳企通过建立《税务风险管理手册》，将300多个案例纳入风险清单，重点监控农产品核定等高风险领域。跨境贸易中，进口乳制品除关税外还需缴纳增值税，但鲜奶与加工品税率差异同样适用，这导致国产深加工乳制品面临更高税负成本。值得注意的是，2024年通过的《中华人民共和国增值税法》虽未调整具体税率，但强化了应税交易界定规则，未来农产品税收优惠政策可能进一步细化。