一般物流公司提供运输服务的增值税税率为9%，若为小规模纳税人则适用3%的征收率；提供仓储、装卸等物流辅助服务适用6%税率。

这一结论基于现行增值税法规及行业实践。根据2024年12月颁布的《中华人民共和国增值税法》，在境内销售服务应依法缴纳增值税，其中运输服务明确归属于应税交易范畴。对于物流企业而言，其业务类型主要分为交通运输服务和物流辅助服务两类：前者包括陆路、水路、航空等货物运输，适用9%税率；后者涵盖仓储、装卸搬运、货运代理等，适用6%税率。具体而言，当物流公司直接使用自有或租赁运输工具承担货物运输责任时，其收入按交通运输服务9%计税；若仅提供中介协调、仓储管理等不涉及实际运输的服务，则按物流辅助服务6%计税。小规模纳税人因年应征增值税销售额未达500万元标准，统一适用3%征收率，且2023至2027年间可享受减按1%征收的优惠政策。国际货运代理服务符合条件者可享受免税待遇，而"无运输工具承运"业务虽不实际拥有运输工具，但因以承运人身份签约并担责，仍需按9%税率缴纳增值税。税率差异源于国家对不同服务的政策导向，运输服务作为实体经济的动脉适用中等税率，而物流辅助服务作为现代服务业的重要组成部分享受较低税率以促进产业升级。纳税人需注意，运输发票进项税额抵扣需满足四个条件：所运货物允许抵扣、取得合规运费结算单据、仅限运费和建设基金（不含杂费）、在法定期限内认证。对于混合经营业务，企业应分别核算不同税率项目销售额，否则将从高适用税率。2025年最新政策显示，物流企业通过"湿租/期租"等模式创新可进一步优化税负，例如配备司机的车辆租赁可拆分适用13%和9%税率，结合仓储服务最低可实现综合税率5.5%。实务中，物流公司还需缴纳城建税（7%/5%/1%）、教育费附加（3%）等附加税费，企业所得税通常为25%，但符合条件的小型微利企业可享受20%优惠税率。税务机关特别强调，货运代理公司若直接承担运输责任，即便外包实际运输仍须按9%开票，而仅提供中介服务则按6%计税，这种"业务实质重于形式"的判定原则要求企业准确界定服务性质。建议企业在合同签订、财务核算和发票管理中严格区分各类业务，必要时咨询专业机构以避免税务风险。