玉石作为天然矿物，其瑕疵是鉴定真伪与价值的重要依据。和田玉常见瑕疵包括棉、裂、水线三类。棉指玉石内部白色晶体聚集，形态多样，如点状、团状或丝状，影响透明度但可通过巧雕化瑕为瑜；裂是物理性损伤，分表皮裂与贯穿裂，后者严重影响牢固性；水线则是透明线状结构，因地质应力形成，部分料子中水线密集反而体现质地细腻。

专业领域对玉石瑕疵的界定具有科学依据。以棉为例，矿物学分析表明其为透闪石晶体排列间隙形成的包裹体，所有产地玉料均可能出现，并非青海料独有特征。地质研究表明，水线是玉石成矿期受剪切应力作用导致纤维平行排列的光学现象，而裂则是后期地质运动或开采不当所致。行业统计显示，籽料中约90%存在天然绺裂，但雕刻师通过“避裂雕”工艺可提升价值。例如玉雕大师杨树明作品《风雪夜归人》，将原本减分的棉点转化为雪花意境，拍出高价。市场数据表明，同等级玉料中，无裂无棉的成品价格可达带瑕疵者的3-5倍，但水线对价值影响相对较小，部分藏家甚至偏爱有水线的细腻玉质。瑕疵既是自然印记，也是鉴别与艺术创作的重要维度。