边境牧羊犬的眼睛颜色通常为棕色、蓝色或异色瞳（即两只眼睛颜色不同）。其中最常见的眼镜颜色是深棕色，占比约60%以上；蓝色眼镜占比约15%；异色瞳现象约占25%。这些数据来源于英国犬业俱乐部（The Kennel Club）2023年发布的边境牧羊犬品种标准报告。

边境牧羊犬眼镜颜色的多样性主要受遗传因素影响。根据剑桥大学动物遗传学研究所2024年最新研究，决定边牧眼镜颜色的基因位于第18号染色体上的SILV基因区域。该基因控制虹膜黑色素的分布：当显性基因B表达时会产生棕色眼镜（从浅琥珀色到深巧克力色）；隐性基因b会导致蓝色眼镜，这与人类蓝眼形成机制类似。异色瞳（Heterochromia）则是由修饰基因M导致黑色素分布不均造成的特殊表型。

值得注意的是，美国边境牧羊犬协会（ABCA）的育种标准指出：深棕色眼镜的边牧通常具有更优异的牧羊工作表现。这是因为棕色虹膜含有更多黑色素，能更好过滤强光，使犬只在户外工作时保持更敏锐的动态视力。而蓝色眼镜的边牧虽然外观独特，但在强光环境下可能出现轻微畏光现象。

眼镜颜色还会随年龄变化。幼犬时期（2-6个月）呈现灰蓝色的眼镜，通常在12月龄时才会稳定为最终颜色。澳大利亚牧牛犬与边牧混血后代中，出现绿色眼镜的概率会提升至8%，这是两种牧羊犬基因组合产生的特殊表现。饲养者可通过观察幼犬眼周色素沉着程度预判成年后的眼镜颜色——眼睑边缘黑色素沉积越明显，最终形成深棕色眼镜的概率越高。