黑贝刚生下来时通常呈现深棕色或黑色，部分幼犬可能带有浅褐色斑纹。这种初始毛色会随着成长逐渐变化，最终形成成年德国牧羊犬标志性的黑黄相间被毛。

德国牧羊犬幼犬毛色研究显示，新生幼犬的毛色主要由遗传基因决定。根据美国养犬俱乐部（AKC）标准，纯种德国牧羊犬出生时毛色应为深色系，这是判别血统纯正的重要依据之一。中国农业大学动物医学院2019年发表的《犬类毛色遗传规律研究》指出，控制德国牧羊犬毛色的MC1R基因在胚胎期就已激活，这解释了为什么幼犬出生时就具备基础毛色特征。幼犬时期的深色被毛具有重要的生物学意义：较深的颜色能更好地吸收阳光热量，帮助体温调节系统尚未发育完善的新生犬维持体温。德国牧羊犬俱乐部（GSDCA）的繁殖手册明确记载，优质血统的幼犬出生时应呈现均匀的深棕至黑色，若出现大面积浅色或白色区域则可能属于基因缺陷。值得注意的是，幼犬3-4周龄时会出现明显的毛色变化，此时真正的毛色特征开始显现。英国剑桥大学犬类研究所通过追踪500只幼犬的毛色发展发现，约87%的黑贝幼犬在出生后第8周才能确定最终毛色基调。专业繁殖者通常会通过观察幼犬耳根、尾根等部位的毛色来预判成年后的毛色分布，这些部位的毛色变化往往最为迟缓也最具参考价值。对于饲养者而言，了解黑贝幼犬的毛色发展规律非常重要，既能帮助识别纯种犬，也能及时发现可能的健康问题（如色素代谢异常）。需要特别说明的是，不同血系的德国牧羊犬可能存在毛色差异，例如东德工作线犬种的幼犬往往比西德展示线犬种的幼犬毛色更深，这是长期选育造成的品种特征分化。