运费应根据不同业务场景计入相应会计科目。销售环节产生的运费计入"销售费用"，采购环节运费计入"存货成本"，运输企业收取的运费则计入"主营业务收入"。

运费计入会计科目的依据主要来源于《企业会计准则》及相关应用指南。根据《企业会计准则第1号——存货》第六条规定，存货的采购成本包括购买价款、相关税费、运输费、装卸费等可归属于存货采购成本的费用。这意味着企业在采购原材料或商品时支付的运费应直接计入存货成本，通过"原材料"或"库存商品"科目核算。这种处理方式能准确反映存货的实际取得成本，为后续成本核算和定价决策提供可靠依据。

在销售环节，《企业会计准则》将销售费用定义为企业在销售商品过程中发生的各项费用，其中明确包含运输费。当企业承担商品运输责任时，相关运费支出应计入"销售费用"科目。这种分类体现了费用与收入的配比原则，使企业能清晰区分生产经营成本与销售推广支出。

对于专业运输企业，其核心业务收入即为运费收入。《企业会计准则第14号——收入》规定，运输企业应将运费收入确认为"主营业务收入"，这与其商业模式和盈利来源完全匹配。而非运输企业偶尔提供的运输服务收入，则计入"其他业务收入"科目。

特殊业务场景下的运费处理更具专业性。例如代垫运费需先计入"应收账款"，待收回款项时再冲销；与客户合同相关的运输服务若构成单项履约义务，其成本应作为"合同履约成本"归集。这些细化规定体现了会计准则对业务实质的尊重和对财务信息质量的要求。

增值税处理也是运费核算的重要环节。根据现行税法，一般纳税人取得增值税专用发票的运输费用，可抵扣进项税额。这要求在会计分录中单独列示"应交税费-应交增值税（进项税额）"，实现税务核算与财务核算的有机统一。

实务操作中，企业还需注意运输费用的细分管理。例如超长超重附加费、偏远地区附加费等特殊费用，应与基础运费分开核算；不同部门的运输支出应准确归集至"销售费用"、"管理费用"或"制造费用"等对应科目。这种精细化核算既能满足内部管理需求，也符合外部审计要求。

随着电商和物流业的发展，运费核算呈现新的特点。平台型企业常采用运费补贴策略，这部分支出应按实质重于形式原则，区分是销售折扣还是营销费用；跨境物流中的国际运费涉及外币折算和关税处理，需要专业财税知识支持。会计人员应当持续学习行业新规，确保运费核算的合规性和准确性。