福清市税务局的主要科室包括办公室、法制科、税政一科、税政二科、社会保险费和非税收入科、收入核算和税收经济分析科、征收管理科、税收风险管理局、组织人事科等。这些科室分别负责税务局的日常运转、政策法规制定、各类税种征收管理、社保费和非税收入征管、税收数据分析、征管信息化建设以及人事管理等工作。

福清市税务局作为国家税务总局下属的地方税务机关，其科室设置严格遵循国家税务总局的统一规范，同时也结合本地实际情况进行适当调整。根据公开信息显示，福清市税务局内设机构包括办公室（党委办公室）、法制科、货物和劳务税科、所得税科、财产和行为税科、社会保险费和非税收入科、收入核算和税收经济分析科、纳税服务科、征收管理科、税收风险管理局、组织人事科等。这些科室的设置充分体现了现代税务管理的专业化和精细化要求。办公室负责机关日常运转和综合协调工作；法制科承担依法行政工作，负责税收政策的合法性审查；各税政科室分别负责不同税种的征收管理和政策解释；社会保险费和非税收入科专门负责社保费和相关非税收入的征管工作；收入核算和税收经济分析科则运用税收数据进行经济分析和预测；征收管理科负责税收征管法律法规的组织实施；税收风险管理局专注于税收风险防控；组织人事科负责干部队伍建设和人力资源管理。这种科室设置既保证了税收征管工作的专业性和高效性，也体现了税务部门服务纳税人、优化营商环境的理念。值得注意的是，不同地区的税务局在科室设置上可能存在一定差异，但总体上都遵循国家税务总局的基本框架。福清市税务局的科室设置既符合国家税务总局的要求，又结合了本地经济发展和税收征管实际，形成了科学合理、运转高效的内部管理体系。