银行卡转账手续费通常从转出账户余额中直接扣除。具体扣费标准因银行政策、转账渠道及金额不同而有所差异，主流银行手机银行跨行转账基本免费，而柜台或ATM跨行转账则按金额阶梯收费。

从金融体系运作机制来看，银行卡转账手续费的扣取本质上是银行对支付结算服务的定价。根据中国支付结算司规定，跨行转账涉及银联清算系统的小额支付通道费率为0.1%（单笔≤5万元），这部分成本通常由行承担或转嫁给客户。2025年最新行业数据显示，国有大行对手机银行渠道的转账业务普遍实行免费政策，这源于数字渠道的边际成本趋近于零；而柜台转账因占用人力资源，四大行仍执行0.03%的费率（封顶50元）。值得注意的是，第三方支付平台如微信、支付宝的银行卡提现功能，其手续费实际由支付机构代收后与银行分成，费率通常为0.1%，这解释了为何通过这类平台转账比直接使用银行APP成本更高。

从会计处理角度，手续费扣除时点具有明确规则：实时转账在交易发起时即刻扣费，普通转账则在清算完成时扣取。部分银行会设置手续费优惠抵扣逻辑，例如招商银行每月前三笔跨行转账自动免除系统扣费，该优惠直接通过银行核心系统实现费用冲销。对于跨境转账，手续费构成更为复杂，除基础费率外还可能包含中间行代理费（约15-50美元/笔），这些费用会在汇款时从本金中扣除并在回执中单独列示。

监管层面，银要求商业银行必须公示服务价目表，因此各银行官网"服务收费"板块均可查到详细的转账费率说明。实践中最易产生纠纷的是"隐形收费"，例如某些银行对实时到账业务额外收取加急费（1-5元/笔），或对二类账户转账设置限额后超出部分收费。建议用户优先选择手机银行渠道，并关注银行最新公告的费率调整信息，例如2025年6月起宁波银行等城商行推出的"全年无限额免费转账"政策，可有效降低资金流转成本。