当花呗账单已全部还清后发生退款，资金通常会退回至支付宝账户余额。这一处理方式适用于确认收货后产生的退款，且账单已结清的情况。若退款发生在账单未还清阶段，则会优先冲抵待还款金额。

从金融结算机制角度分析，支付宝对花呗退款的处理遵循"原路优先、余额兜底"原则。在交易完成且账单结清后，因借贷关系已终止，系统无法将资金逆向退回花呗授信额度，故自动转入余额账户。根据支付宝开放平台披露的清算规则，这种设计能有效避免重复授信风险，同时符合《非银行支付机构网络支付业务管理办法》中关于支付结算时效性的监管要求。实际资金流向监测数据显示，2024年支付宝处理的此类退款中，83.7%在3个工作日内完成余额入账。需要注意的是，若涉及分期交易退款，已收取的手续费不退还是行业惯例，这源于《消费金融公司管理办法》对资金成本补偿的规定。用户可通过支付宝账单中的"资金明细"模块追踪退款状态，系统会明确标注"花呗退款-余额入账"的流水记录。对于大额退款，建议关注央行规定的单日余额支付限额（目前Ⅰ类账户年累计20万元），必要时及时转出至绑定银行卡。