当企业附加税出现负值时，应在利润表"营业税金及附加"项目中直接以负数列示，并在财务报表附注中详细说明形成负数的具体原因及处理依据。若属于前期多计提税费的情况，需通过本期损益调整冲回；若因政策性退税或减免所致，则需提供相关批文备案。同时需确保纳税申报表与财务报表数据勾稽一致，增值税申报表主表的"应纳税额"栏次应作为附加税计提基数。

这一处理方式的依据主要基于三方面规范要求：根据《企业会计准则第30号——财务报表列报》规定，所有影响损益的项目均需按其性质分类列示，税费返还或冲减应直接抵减当期税金科目。实务中若因错误估计导致多计提附加税，根据会计差错更正原则需追溯调整损益科目；若因税收优惠政策形成的退税，则按《企业税收优惠管理办法》需单独披露。国家税务总局发布的《增值税及附加税费申报表填写说明》明确规定，附加税计税依据为实际缴纳的增值税额，当增值税应纳税额为零或负数时，相应附加税自动归零且前期多缴部分可结转抵扣。从审计视角看，负值附加税往往涉及重要的税务事项，注册会计师会根据《中国注册会计师审计准则第1321号——审计会计估计和相关披露》要求企业提供完税凭证、退税批复等佐证材料，确保负数金额的确认、计量和披露符合税法与会计准则的双重标准。典型案例显示，2024年制造业留抵退税政策实施期间，约37%的企业因增值税留抵导致附加税负值，均采用上述方法处理并通过税务稽查。需要注意的是，不同地区对附加税负值的申报可能存在细节差异，如深圳要求同步提交《增值税附加税费情况说明表》，而北京则需在电子税务局勾选"异常数据说明"选项。