股权转让亏损的会计处理需区分不同核算方式。采用成本法核算时，转让价格低于投资成本的差额应借记"投资收益"，贷记"长期股权投资"科目。若涉及印花税等税费，需借记"投资收益"，贷记"银行存款"。若此前计提过减值准备，则需同步冲减：借记"长期股权投资减值准备"，贷记"投资收益"。权益法核算下，需先将累计确认的投资损益转入当期损益，再按上述原则处理亏损。

该处理依据《企业会计准则第2号》及企业所得税法相关规定。成本法下亏损确认时点与税法要求一致，可直接税前扣除；权益法核算需注意会计利润与应税所得的差异调整。根据国家税务总局公告，股权转让损失可在发生年度一次性税前扣除，追补期限不超过5年。实务中需备齐股权转让协议、评估报告等证明文件，确保亏损金额的合理性。对于折价转让情形，税务机关可能要求提供公允价值证明材料，避免被认定为异常交易。企业还需在财务报表附注中披露股权转让的背景、定价依据及对财务状况的影响，以满足信息披露的完整性要求。