股权过户费在会计处理中通常计入"管理费用"科目。具体操作时，根据实际支付凭证借记"管理费用-股权转让手续费"，贷记"银行存款"或"库存现金"科目。若费用金额较大或与特定交易直接相关，也可单独设置"股权转让手续费"二级科目核算。对于通过中介机构完成的股权转让，相关服务费同样计入管理费用下的"中介费"明细科目。

这一会计处理方式的依据主要来自三个方面：根据《企业会计准则》规定，与企业日常管理活动直接相关的支出应确认为管理费用。股权过户作为企业资本运作的常规环节，其产生的费用具有管理属性。财政部发布的《企业会计准则解释第7号》明确，同一控制下企业合并产生的相关费用应计入当期损益，而股权转让手续费正属于此类。实务中，沪深交易所的过户费收费标准为成交金额的0.002%，这部分费用本质上是为保障股权登记变更合规性产生的行政性支出，不同于具有资本性质的长期股权投资成本。从税法角度看，国家税务总局2025年最新文件规定，股权转让过程中发生的合理费用可在计算应纳税所得额时扣除，但必须与收入相匹配且取得合法凭证，计入管理费用的处理方式更便于税务稽查时进行费用归集与比对。值得注意的是，若股权转让构成企业合并且符合资本化条件，相关费用才可能计入投资成本，但这种情形在普通股权过户中较为少见。