股份折价购买的计算通常以公司净资产为基础，结合盈利能力和市场行情综合确定。具体公式为：折价后股价=每股净资产×（1-折价率）。例如公司每股净资产10元，协商折价率20%，则实际购买价为8元。若涉及大宗交易，还需对比当日收盘价计算折价幅度，如新三板某股票收盘价3.42元，大宗交易成交价2.39元，折价率达30.12%。

该计算方法的合理性源于三方面依据。净资产是公司法定的股权定价基础，审计后的净资产能客观反映公司实际价值，例如注册资本1000万元的公司若净资产仅800万元，按80%折价转让符合商业逻辑。盈利能力直接影响折价率，同行业平均净利润200万元的企业若仅盈利100万元，其股权价值自然需向下调整。市场行情具有决定性作用，2025年5月新三板出现30%折价的大宗交易，正是受宏观经济承压、流动性收紧等市场因素影响。实践中还需考虑资本公积、留存收益等财务项目，如股东持股20%的公司累计盈利100万元，其20万元留存收益应纳入成本核算。这种综合定价方式既符合《公司法》第七十一条对股权转让的规定，也能平衡买卖双方利益。