判定企业是否长期亏损的核心标准是连续三个会计年度经审计的扣除非经常性损益后的净利润均为负值。这需要结合利润表、现金流量表及资产负债表综合判断，重点关注主营业务收入持续下滑、经营性现金流长期为负、资产负债率持续攀升等关键财务指标。税务部门认定连续亏损时还会核查纳税申报表与财务资料的一致性。

这一判定标准具有多重依据。从财务准则角度看，连续三年扣非净利润为负表明企业主营业务已失去持续盈利能力，这比单纯看净利润更能反映真实经营状况。监管机构如深交所2024年修订的ST规则明确规定，最近三个会计年度扣非净利润均为负且审计报告显示持续经营存在不确定性的企业将面临退市风险警示。税务部门在核查企业亏损时同样要求提供连续三年的纳税申报表及附列资料，确保数据真实完整。实务中还需注意几点：一是亏损额需经税法调整认定，计算时需扣除不征税收入、免税收入及各项合法扣除项；二是特殊行业如研发型企业允许将部分研发费用加计扣除；三是若财报被出具无法表示意见或否定意见的审计报告，无论实际利润如何都可能触发风险警示。企业要摆脱长期亏损标签，需满足最近一年经审计的净利润为正且营业收入不低于1亿元等硬性条件。